按照党中央、国务院统一部署，中央生态环境保护督察组于2024年对我市开展了第三轮中央生态环境保护督察。根据督察反馈意见，我市编制了第三轮中央生态环境保护督察整改方案，已经党中央、国务院批准。
截至2025年底，第三轮中央生态环境保护督察整改工作已取得阶段性成效，其中，关于“建筑垃圾问题突出”“长江口—杭州湾海域水质出现反弹”“林地保护不力”“互花米草治理推进滞后”“大气污染防治工作不到位”“群众身边的‘关键小事’解决不力”“餐饮油烟污染问题普遍”“报废机动车拆解环境管理混乱”“船舶码头污染监管缺失”“飞地企业治污责任不落实”“检测机构造假问题突出”整改任务，已完成整改；关于“化工园区认定不严不实”整改任务，已制定上海市化工园区认定管理实施细则，完成相关化工园区认定工作；关于“节能降耗进展滞后”整改任务，已出台上海市加快推进绿色低碳转型行动方案（2024—2027年），建立市、区协同的淘汰落后机电设备及工艺管理机制，推动我市用能设备及工艺绿色低碳化改造；关于“污水收集处理仍有短板”整改任务，持续推进相关重大工程建设，逐步开展雨污混接问题和管道问题整改工作，强化污水“厂站网”一体化运维管理，“一厂一策”推进污水处理厂提质增效，“一河一策”推进重点河道综合治理。